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虚拟仿真实验教学中心依托中国农业大学机械与农业工程国家级实验教学中心实施管理。主任由工学院机械工程学科带头人、副院长宋正河教授担任，实行“主任负责制”，采用“人财物统一管理、资源共享、统筹调配”的管理模式，实现优质资源共享，避免教学资源的重复配置。中心副主任由学院各系专门负责虚拟仿真实验教学工作的专任教师担任，平台负责人由各系主管教学主任担任，分管各专业实验教学模块的资源更新、维护和管理。中心依托中国农业大学机械与农业工程实验教学中心实验教学指导委员会，统筹规划中心的发展，通过产学研紧密结合，促进实验教学水平不断提升。
虚拟仿真实验教学中心主任主持实验教学中心全面工作，主要负责实验教学中心组织管理机构建设和改革与发展规划，推进中心与科研院所、行业、企业的密切联合，促进各类资源融合，师资队伍建设和发展，奖惩激励机制推进及规范化管理规章制度的建立，虚拟仿真实验教学中心仪器设备等条件建设，实验教学中心创新实验教学模式，实验教学课程体系，实验教学内容和实践训练方法等方面的研究课程体系建设等各项工作的具体实施、管理和运行工作。
中国农业大学机械与农业工程国家级实验教学示范中心规章制度：
机械与农业工程实验教学中心实验室安全制度
机械与农业工程实验教学中心工作档案管理制度
机械与农业工程实验教学中心人员管理制度
机械与农业工程实验教学中心学生实验守则
机械与农业工程实验教学中心仪器设备管理制度
机械与农业工程实验教学中心仪器设备的借用规定
机械与农业工程实验教学中心实验课程管理办法
机械与农业工程实验教学中心关于加强实验室成果产出的有关规定
机械与农业工程实验教学中心开放性实验考核办法
机械与农业工程实验教学中心机械工程训练平台规章管理制度
机械与农业工程实验教学中心科技创新平台实验室学生守则
机械与农业工程实验教学中心科技创新平台实验室管理办法
机械与农业工程实验教学中心科技创新平台实验室仪器设备管理制度
机械与农业工程实验教学中心科技创新平台实验室使用的规定
机械与农业工程实验教学中心科技创新平台实验室设备管理制度
机械与农业工程实验教学中心科技创新平台学科竞赛奖励办法